بدأت الجامعة كفرع لجامعة الزقازيق ففي 25/1/1976 صدر القرار رقم 1143 بإنشاء فرع لجامعة الزقازيق يضم كليات التجارة والعلوم والتربية ببنها والطب البيطري بمشتهر وأصبح الفرع يضم 12 كلية وبتاريخ 7/3/2005 صدر القرار الجمهوري رقم 84 لسنة 2005 الخاص بإنشاء جامعة بنها وفيما يلي نص القرار الجريدة الرسمية العدد 9 مقرر في 8 مارس سنة 2005 قرار رئيس جمهورية مصر العربية رقم 84 لسنة 2005 بإنشاء ثلاث جامعات جديدة وتعديل بعض أحكام اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم الجامعات رئيس الجمهورية بعد الإطلاع على الدستور : وعلى قانون تنظيم الجامعات الصادر بالقانون رقم 49 لسنة 1972 وعلى قرار رئيس الجمهورية رقم 809 لسنة 1975 باللائحة التنفيذية لقانون رقم 49 لسنة 1972 في شأن تنظيم الجامعات : وبعد موافقة المجلس الأعلى للجامعات : وبعد موافقة مجلس الوزراء : وبناء على ما عرضه وزير التعليم العالي ووزير الدولة لشئون البحث العلمي : قـــــــــــــــــــــــرر

تنشأ بالإضافة إلى الجامعات المنصوص عليها المادة (2) من قانون تنظيم الجامعات المشار إليه ثلاث جامعات جديدة على النحو التالي : جامعة بنها ومقرها مدينة بنها جامعة الفيوم ومقرها مدينة الفيوم جامعة بنى سويف ومقرها مدينة بنى سويف الجريدة الرسمية - العدد 9 (مكرر) في 8 مارس سنة 2005 (المادة الثانية) يلغى فرعا جامعة القاهرة ( فرع الفيوم , فرع بنى سويف ) الواردان بالمادة (1) " أولا " من اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم الجامعات المشار إليه وتضم الكليات التابعة لفروع الجامعات الملغاة بنها والفيوم وبنى سويف على النحو الموضح بالمادة الثالثة من هذا القرار (المادة الثالثة) يضاف إلى أولا : " تكوين الجامعات " من المادة (1) من اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم الجامعات المشار إليها ما يلي : ثالث عشر – جامعة بنها.

1- كلية التجارة.
2- كلية الطب.
3- كلية الطب البيطري.
4- كلية التربية.
5- كلية الهندسة بشبرا.
6- كلية الزراعة بمشتهر.
7- كلية الآداب.
8- كلية الحقوق.
9- كلية التربية الرياضية للبنين.
10- كلية التربية النوعية.
11- كلية التمريض.