يتضمن الهيكل " 5 " ( خمس ) إدارات بالإضافة إلى قسم الشئون المالية والإدارية وإدارات ووحدات أخرى مستحدثة تم إضافتها للهيكل التنظيمي والجاري حالياً اعتماده بمعرفة الإدارة العامة للتنظيم والإدارة " إدارة ترتيب الوظائف بالجامعة " من الجهاز المركزي للتنظيم والإدارة وهذه الإدارات والأقسام والوحدات هي :

1- إدارة التزويد والتبادل والإهداء : وتضم قسمين هما :

أ- قسم التزويد :  ويقوم بالعمل على تنمية مجموعات المقتنيات بالمكتبة واتخاذ الإجراءات الخاصة بالشراء وعمل إجراءات التسويات المالية والتسجيل بالسجلات الورقية والمحاسبية والمحافظة عليها وتأمينها  .

ب- قسم التبادل والإهداء  :  ويقوم على عمليتي الإهداء والتبادل مع الجهات العلمية والثقافية وغيرها من الجهات .

2- إدارة الفهرسة والتصنيف والأدلة : ومهمتها الإعداد الفني للمقتنيات كتب ورسائل الخ... من حيث الفهرسة والتصنيف ومتابعة الترتيب الموضوعي للموضوعات المختلفة

3- قسم الشئون المالية والإدارية :  ويقوم بتنفيذ  العمليات المالية والإدارية ومتابعتها لحين الانتهاء من تنفيذها .

4- إدارة المكتبة الرقمية : ومهمتها الادخال الالي لكل محتويات المكتبة ، والبحث الالكتروني ، الاستعارة الالية لكل اعضاء هيئة التدريس ومعاونيهم وغيرها من الخدمات الالكترونية.

5- وحدة التصوير : ومهمتها القيام  بعمليات التصوير للسادة المترددين.